Die Tierseuchenbekämpfung beinhaltet nicht nur Massnahmen im Fall eines isolierten Krankheitsherds. Sie zielt ebenfalls darauf hinaus, den Verseuchungsgrad zu reduzieren oder sogar gewisse Krankheiten auszumerzen.

Dazu werden nationale Überwachungs- und Stichprobenprogramme aufgebaut, welche darin bestehen, Tierbestände systematisch zu kontrollieren, auch wenn die Tiere nicht krank zu sein scheinen. Das Endziel ist zu prüfen, dass die Schweizer Herden frei von gewissen Krankheitserregern sind.
Für folgende Tierkrankheiten werden Stichproben eingesetzt:

Die Überwachungsprogramme betreffen ebenfalls die transmissiblen spongiformen Enzephalopatien (TSE).

Für andere Krankheitserreger wie die Salmonellen beim Geflügel sind die Stichproben ein Überwachungsmittel, um den Infektionsgrad möglichst tief zu halten. Ebenso die systematische Kontrolle des gesamten Ziegenbestandes, welche alle 4 Jahre durchgeführt wird, für die Bekämpfung der Caprinen Arthritis-Encephalitis (CAE).

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