Le SAINEC a pour mission d'accomplir les tâches légales en matière d'état civil et de naturalisations. Il traite entre autres les demandes de mariage, les changements de nom ou de prénom, les processus d'adoption, les déclarations de reconnaissance ainsi que les requêtes de naturalisation.
Sous l'angle institutionnel il s'occupe des questions en lien avec les droits politiques, les langues (bilinguisme), les relations entre les Eglises et l'Etat, l'appui au Conseil des Jeunes, la Constitution cantonale, etc. Outre ses missions légales, le secteur des affaires institutionnelles traite, sur délégation, des affaires juridiques de la Direction IAF (recours, prises de position, rédaction d'actes législatifs, etc.).