La lutte contre les épizooties ne consiste pas uniquement à combattre un foyer isolée d'une maladie animale. Elle a également pour objectif de réduire le taux de contamination, voire d'éradiquer certaines maladies.

Des programmes de surveillance et de sondages sont mis en place à l'échelle nationale. Ils consistent notamment à contrôler des effectifs d'animaux, même si ces derniers ne semblent pas malades. Le but final est de vérifier que les cheptels suisses sont indemnes de certains agents pathogènes.
Les sondages sont utilisés pour les épizooties suivantes :

Les programmes de surveillance portent également sur les EST (encéphalopathies spongiformes transmissibles).

Pour d'autres agents pathogènes comme les salmonelles de la volaille, les sondages sont un moyen de surveillance qui permet de maintenir un taux d'infection très bas. Enfin, le contrôle systématique, réalisé tous les 4 ans, de tout le cheptel caprin permet de lutter contre l'arthrite-encéphalite caprine (AEC).

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