Il consacre une partie importante de son activité à l‘analyse de l‘eau potable. Il contrôle notamment si les exigences de salubrité sont respectées.
Pour ces activités, le laboratoire de chimie est accrédité selon les normes ISO/CEI 17025 (laboratoire d'essai - no d'accréditation STS 0161).
Le laboratoire dispose de divers appareils et utilise de nombreuses méthodes d’analyse afin de déceler par exemple, selon le type d’échantillons prélevés sur des denrées alimentaires ou objets usuels, la présence de composants, d’additifs ou de substances étrangères.
Le laboratoire de chimie analyse notamment des composés appartenant aux classes de substances suivantes: protéines, glucides, lipides, sels minéraux, additifs, mycotoxines, médicaments vétérinaires, vitamines, enzymes, herbicides, métaux lourds, composés organiques volatiles, trihalogénométhanes, acides gras, anions, cations et bien d’autres…
Le laboratoire de chimie dispose de techniques et d'appareils tels que: HPLC avec détecteurs: DAD, FLD, ELSD; Headspace-GC-MS; GC FID; IC; ELISA; SPE.