Dans le cadre de sa mission dans le domaine de la santé animale, le SAAV réalise les activités suivantes :
- mise en place et suivi du programme annuel de sondages pour la détection de certaines épizooties ;
- mise en place des mesures de lutte définies en cas d'épizooties ;
- encadrement des campagnes (BVD) ;
- contrôle du trafic des animaux au moyen de l'enregistrement et de l'identification des animaux (BDTA), estivages ;
- surveillance de l'élimination des sous-produits animaux ;
- contrôle de l'emploi des médicaments vétérinaires et des pharmacies vétérinaires ;
- contrôle des inséminations artificielles et du transfert d'embryons ;
- encadrement de l'exercice de la médecine vétérinaire ;
- traitement des autorisations pour expositions, transhumance, inséminations artificielles, etc. ;
- commerce de bétail : établissement des patentes de marchand de bétail (après avoir accompli les formations nécessaires).