En plus des fouilles de sauvetage et des fouilles programmées, le Service archéologique dirige une série de projets particuliers. Les projets actuellement en cours comprennent notamment :
- A1 et A12 : les études des principaux sites excavés sur les chantiers autoroutiers avec notamment les habitats de l’âge du Bronze (Courgevaux) et de l’âge du Fer (Font, Bussy, Cheyres) ainsi que les occupations romaines de Morat/Combette et de Marsens ;
- Eglise des Cordeliers à Fribourg: la mise en valeur des peintures murales ;
- Muntelier/Steinberg: les fouilles subaquatiques.
