Abgesehen von den Notgrabungen und den geplanten Ausgrabungen leitet das Amt für Archäologie auch eine Reihe von speziellen Forschungsprojekten. Gegenwärtig sind folgende Projekte am Laufen:
- Die Auswertungen der wichtigsten, im Rahmen des Autobahnbaus (A1 und A12) ergrabenen Fundstellen, insbesondere der Siedlungen aus der Bronze- (Courgevaux) und Eisenzeit (Font, Bussy, Cheyres), sowie der römerzeitlichen Ansiedlungen von Murten/Combette und Marsens;
- Ein Projekt des Schweizerischen Nationalfonds (die gotischen Wandmalereien der Franziskanerkirche Freiburg ;
- Die Tauchgrabungen (namentlich in Muntelier).
