Herr Waeber ist seit 2006 Grossrat des Sensebezirks und Mitglied der Fraktion der Schweizerischen Volkspartei. Er tritt aus beruflichen Gründen auf den 21. November 2019 von seinem Amt als Mitglied des freiburgischen Grossen Rats zurück.
Während seines Mandats war Herr Waeber Mitglied der SVP-Fraktion und Mitglied des Büros. Emanuel Waeber war Mitglied in über 20 ordentlichen Kommissionen.