M. Waeber est député du groupe Union Démocratique du Centre du district de la Singine depuis 2006. Il démissionne avec effet au 21 novembre 2019 de sa fonction de député au Grand Conseil fribourgeois pour des raisons professionnelles.
Durant son mandat, M. Waeber a été chef du groupe UDC et membre du Bureau. Emanuel Waeber a été membre de plus d’une vingtaine de commissions ordinaires.