Nicolas Ayer est né en 1951 à Fribourg. Après sa scolarité obligatoire puis l'obtention de sa maturité, il entame à l'Université de Fribourg des études de droit, couronnées en 1975 par l'obtention de la licence. En 1979, le brevet d'avocat viendra compléter ce cursus.
Cette même année, il entre au service de l'Etat de Fribourg, d'abord comme juriste auprès de l'Office de législation, puis, dès 1981, comme juriste de la Direction de l'instruction publique et des affaires culturelles.
C'est en 1988 que Nicolas Ayer accède à la charge de Président du Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine. Grand travailleur, extrêmement consciencieux, il marque les esprits par la précision et la rigueur avec lesquelles il analyse ses dossiers dans leurs moindres détails, dans des causes parfois d'une très grande complexité.
Au fil de sa carrière, il accompagnera l'évolution du Pouvoir judiciaire fribourgeois durant plus d'un quart de siècle, et en particulier celle du Tribunal d'arrondissement de la Sarine, dont les effectifs ne cesseront de croître au gré de l'évolution du volume d'affaires à traiter.
En parallèle à son activité de juge, il sera actif au sein du comité de l'Association suisse des magistrats de l'ordre judiciaire de 1993 à 2012. Il fonctionnera également comme membre de la Commission du barreau de l'Etat de Fribourg de 2004 à janvier 2016.