Nicolas Ayer wurde 1951 in Freiburg geboren. Nach der obligatorischen Schulzeit und Erlangen der Maturität trat er an der Universität Freiburg das Jurastudium an, das er 1975 mit dem Lizentiat abschloss. 1979 erhielt er zudem das Anwaltspatent.
Im selben Jahr trat Nicolas Ayer in den Dienst des Staates Freiburg. Er war zunächst als Jurist beim Amt für Gesetzgebung und ab 1981 als Jurist bei der Direktion für Erziehung und kulturelle Angelegenheiten tätig.
1988 übernahm Nicolas Ayer das Amt des Präsidenten des Strafgerichts Saane. Als unermüdlicher und ausserordentlich gewissenhafter Richter hinterliess er einen bleibenden Eindruck durch die Präzision und Strenge, mit der er die Akten seiner teilweise höchst komplexen Fälle bis in alle Einzelheiten studierte.
Im Verlauf seiner Karriere begleitete er die Entwicklung der Freiburger Gerichtsbarkeit über mehr als ein Vierteljahrhundert, besonders jene des Bezirksgerichts Saane, dessen Personalbestand mit der Zunahme der zu behandelnden Fälle kontinuierlich anstieg.
Neben seiner Tätigkeit als Richter war er von 1993 bis 2012 im Vorstand der Schweizerischen Vereinigung der Richterinnen und Richter tätig. Ausserdem war er von 2004 bis Januar 2016 Mitglied der Anwaltskommission des Staates Freiburg.
