Bereits im Jahr 1826 wurde eine archäologische Vereinigung gegründet, deren Zweck darin bestand, Forschungsarbeit zu betreiben und eine Fundsammlung aufzubauen. Doch schon einige Jahre nach der Gründung hat die Vereinigung ihre Aktivitäten wieder eingestellt. In den 1850er Jahren lösten die ersten Entdeckungen von Pfahlbausiedlungen bei Archäologieanhängern wahre Begeisterungsstürme aus. Besondere Erwähnung verdient Louis Grangier, der vom Staatsrat eine Forschungsgenehmigung erhielt. Andere Forscher, unter ihnen Abbé Jean Gremaud oder Gustav de Bonstetten, richteten ihr Interesse auch auf andere archäologische Fundstellenkategorien. So erfolgten beispielsweise zwischen 1852 und 1853 Ausgrabungen in der gallorömische Tempelanlage von Riaz/Tronche-Bélon oder im Jahr 1852 Untersuchungen an den Grabhügeln von Birch. Infolge dieser Forschungstätigkeit veröffentlichte G. de Bonstetten im Jahre 1878 die erste archäologische Karte, die von F. Reichlen 1894 vervollständigt wurde.
Im Jahre 1901 ernannte der Staatsrat Max de Techtermann zum Kantonsarchäologen. Diesem folgte im Amt 1907 Abbé François Ducrest, der den Titel wiederum an den Stiftsherrn Nicolas Peissard weiter reichte, der im Jahr 1941 eine neue archäologische Karte veröffentlichte. Nach dessen Rücktritt 1942 blieb der Posten des Kantonsarchäologen bis zum 1. April 1962 vakant. Zu diesem Zeitpunkt wurde Hanni Schwab, vormals Verantwortliche der archäologischen Ausgrabungen im Rahmen der zweiten Juragewässerkorrektur zur Kantonsarchäologin ernannt. (Quelle : « Le passé apprivoisé », F. Guex)
Seitdem hat die Kantonsarchäologie ihre Tätigkeit ohne Unterbruch fortgesetzt, zunächst unter der Leitung von M. François Guex, dann unter der Führung von Claus Wolf, Carmen Buchillier und schliesslich der gegenwärtigen Kantonsarchäolog Reto Blumer . Seit 1997 befindet sich das Amt für Archäologie in der Alten Kaserne an der Oberen Matte, Freiburg.
Seit 2000 nimmt das Amt für Archäologie die administrative und wissenschaftliche Leitung des Musée romain de Vallon wahr und gewährleistet die Konservierung der beiden Mosaike in situ. (www.museevallon.ch)