Dans le cadre de la procédure, 106 séances de conciliation ont eu lieu. A la suite de celles-ci, les trois communes qui avaient fait opposition les ont retirées. Quatre organisations et un opposant individuel l'ont également fait. Les personnes dont les oppositions ont été rejetées dans les 270 décisions individuelles et motivées ont 30 jours pour déposer un recours auprès du Tribunal cantonal.
Protection internationale et nationale
La modification du PAC rive sud – élaborée en étroite collaboration avec la Direction des institutions, de l'agriculture et des forêts (DIAF) – a été mise à l’enquête publique et présentée lors de plusieurs séances d'information publiques en été 2020. La modification clarifie et simplifie les règles de protection et d'utilisation des réserves naturelles et pose le principe du démantèlement des maisons de vacances situées dans le périmètre du PAC rive sud.
L'importance de la Grande Cariçaie est reconnue aux niveaux international et national. Les réserves naturelles figurent dans plusieurs inventaires fédéraux, en particulier celui des sites marécageux. Elles comptent 3'000 hectares et abritent un quart de la flore et de la faune suisses. Le PAC rive sud modifié vise à préserver ce trésor pour les générations futures et à le valoriser tout en le maintenant accessible à la population.
Dans une expertise de 2012, la Commission fédérale pour la protection de la nature et du paysage (CFNP), confirmée par l’Office fédéral de l’environnement (OFEV), a conclu que la présence des chalets portait une atteinte grave aux objets protégés par les inventaires fédéraux. Leur maintien n’est pas compatible avec le droit supérieur. En effet, la Constitution fédérale et la loi fédérale sur la protection de la nature (LPN) n’offrent pas de marge de manœuvre aux cantons pour autoriser des constructions dans les sites marécageux qui ne servent pas à la protection de ces milieux ou à la poursuite de leur exploitation à des fins agricoles. En cas de nuisances avérées, les autorités cantonales doivent y mettre un terme en prenant toutes les mesures nécessaires. Vu le constat de la CFNP, le démantèlement des maisons de vacances et de leurs installations annexes dans les réserves naturelles est nécessaire et inévitable pour assurer une protection adéquate des objets protégés et respecter le droit fédéral. Les décisions relatives aux 270 oppositions confirment ces principes et mettent en œuvre la volonté des autorités cantonales exprimée en 1983 déjà de voir les chalets disparaître de la Grande Cariçaie.