Ce projet résulte du décret du Grand Conseil du 11 mai 2011, par lequel un crédit d'engagement de 2 000 000 francs était octroyé pour la réalisation d'une pisciculture de remplacement à Estavayer-le-Lac permettant de concentrer sur un seul site la production d'alevins du canton de Fribourg destinés en premier lieu aux lacs de Neuchâtel et de Morat.
Pour différentes raisons surtout de police de constructions, la réalisation du projet a dû être reportée de plusieurs années. Les travaux de fondation et de construction ont commencé dans la deuxième moitié de l'année 2015. Ce retard ainsi que divers aménagements ont entraîné un surcoût de 400'000 francs. Celui-ci a été couvert par un prélèvement de 190 000 francs du fonds intercantonal de repeuplement du lac de Morat et de 40 000 francs du fonds intercantonal d'études piscicoles du lac de Neuchâtel, le solde a été compensé par le budget du Service des forêts et de la faune.
La première pisciculture de l'Etat à Estavayer-le-Lac avait été érigée en 1907 et avait été totalement reconstruite en 1958. Ses installations techniques âgées de plus de 50 ans arrivaient en fin de vie et nécessitaient un renouvellement total. Un projet d'assainissement et d'agrandissement a donc été présenté à la commune d'Estavayer-le-Lac en 2007. Cette dernière avait alors proposé un échange de lieu d'implantation afin qu'elle puisse disposer, à des fins de développement touristique, de toute la tête de la presqu'île au pied de la ville d'Estavayer-le-Lac.
La nouvelle pisciculture, construite en bois suisse, s'intègre parfaitement dans le paysage par une architecture moderne. Outre des locaux techniques, elle comprend également un bureau pour les agents du Service des forêts et de la faune et un hangar pour un bateau. La nouvelle pisciculture reprendra les activités de la pisciculture de Morat qui, pour des raisons techniques, n'est plus fonctionnelle. Ce regroupement sur un seul site permettra de rendre le travail plus efficace.
L'installation technique comprend une écloserie offrant deux techniques d'incubations courantes, soit des vases incubateurs (dits vases de Zoug) ou des cadres. Les vases de Zoug permettent notamment l'incubation des œufs de corégones (palée et bondelle) et de brochet. La pisciculture peut ainsi accueillir jusqu'à 750 litres d'œufs. Sa capacité est légèrement augmentée par rapport à l'ancienne installation et surtout la nouvelle technique permet d'incuber un même volume sur une plus petite surface. La nouvelle installation permet de contrôler, moyennant un échangeur de chaleur, la température de l'eau dans l'écloserie afin d'optimiser l'incubation. L'installation d'armoires incubatrices avec des plateaux (cadres) servira à la reproduction des truites et des ombles chevaliers. Les alevins produits sont destinés en priorité aux lacs de Neuchâtel et de Morat.
Les pêcheurs professionnels contribuent au repeuplement en participant, en période de frai, aux pêches de géniteurs et fournissent par ce biais les œufs qui sont incubés en pisciculture. Le repeuplement en corégones (palées et bondelles) est essentiellement un soutien de la pêche professionnelle.
Cette nouvelle installation permettra également d'incuber des œufs d'espèces destinées à d'autres eaux du canton, notamment les lacs de la Gruyère et de Schiffenen, dans le but de soutenir des populations d'espèces menacées ou en voie de disparition (truite de lac, omble chevalier, etc.), ou lors de programmes de réintroduction d'espèces disparues, mais présentes dans nos eaux par le passé (p. ex. écrevisse à pattes rouges). La pisciculture pourra également fournir des alevins d'espèces dans un but halieutique (p. ex. brochet).